آنالیز فیلوژنی 23 گونه از جنس یونجه (Medicago) در ایران بر اساس دادههای حاصل از 90 صفت ریخت شناسی و به روش Maximum Parsimony تعبیه شده در نرم افزارPAUP با استفاده از جستجوی ابتکاری(Heuristic) و گزینه تبادل شاخه دو نیمه شدن و اتصال مجدد درخت صورت گرفت. از تجزیه و تحلیل صفات با وزن دهی متوالی با استفاده از شاخص سازگاری تصحیح شده، درختانی با روابط فیلوژنی بهتر و حدود اطمینان کلادهای بیشتر نسبت به وزن دهی یکسان صفات بدست آمد. گونه M. radiata به عنوان برون گروه در نظر گرفته شد. تجزیه و تحلیل دادهها نشان داد که برای جنس یونجه پنج گروه قابل تشخیص است که تا حدودی با بخشهای این جنس مطابقت مینماید. گونههای چندساله M. sativa و M. lupulina با ضریب اطمینان 91 درصد در مجاور هم و در میان گونههای یکساله جای گرفتند که نشاندهنده پارافیلتیک بودن گونههای یکساله Medicago می باشد و همچنین در روند تکامل، گونههای دگرلقاح M. sativa)) از گونههای خودلقاح (یکسالهها) مشتق شدهاند. بیشترین خویشاوندی بین گونههای M. rugosa و M. scutellata ، M. sativa و M. lupulina ، M. coronata و M. minima، M. rigidula و M. rigiduloides، M. polymorpha و M. arabica ، M. tornata و M. turbinata مشاهده گردید، که میتوان از آنها در تعیین احتمال موفقیت در انجام تلاقیهای بین گونهای استفاده نمود.