[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 22، شماره 4 - ( زمستان 1399 ) ::
جلد 22 شماره 4 صفحات 291-304 برگشت به فهرست نسخه ها
شناسایی جایگاه‌های ژنومی کنترل کننده صفات فنولوژیک و مورفولوژیک در ژنوتیپ‌های جو (.Hordeum vulgare L) با استفاده از تجزیه ارتباطی
زهرا کوچک‌پور، محمود سلوکی، براتعی فاخری، رضا اقنوم، نفیسه مهدی‌نژاد، میترا جباری
دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل
چکیده:   (528 مشاهده)
نقشه­یابی ارتباطی روش مناسبی جهت شناسایی جایگاه صفات کمی بر اساس عدم تعادل لینکاژی است که در تشریح صفات پیچیده ژنتیکی کارآیی بالایی دارد. این روش ابزار قدرتمندی جهت تشریح صفات پیچیده زراعی و شناسایی آلل­های موثر در صفت مورد نظر محسوب می‌شود. در این تحقیق، نقشه­یابی ارتباطی کل ژنوم در 148 ژنوتیپ جمعیت جو بهاره انجام شد. ارزیابی فنوتیپی در قالب طرح آلفا لاتیس در دو تکرار در دو سال زراعی (94-1393 و 95-1394) در ایستگاه تحقیقات کشاورزی زهک انجام شد و صفات روز تا گرده­افشانی، روز تا رسیدگی، طول دوره پر شدن دانه، طول برگ پرچم، عرض برگ پرچم، تعداد دانه در سنبله اصلی، وزن هزاردانه و عملکرد دانه اندازه‌گیری شدند. تجزیه ارتباطی بین نشانگرها و داده‌های فنوتیپی، براساس مدل خطی مخلوط همراه با  ماتریس Q و ماتریس K انجام شد و در مجموع 28 جایگاه ژنومی (QTL) در ارتباط با صفات مورد ارزیابی شناسایی شدند. برای صفت روز تا گرده­افشانی، یک جایگاه ژنومی پایدار روی کروموزوم 5H (76/74 سانتی‌مورگان) شناسایی شد. سه جایگاه ژنومی پایدار روی کروموزوم­های 4H (08/125 و 64/120 سانتی‌مورگان) و 5H (76/74 سانتی‌مورگان) برای صفت دوره پر شدن دانه شناسایی گردید. یک QTL روی کروموزوم 2H (87/10 سانتی‌مورگان) در ارتباط با صفات روز تا گرده­افشانی،
طول دوره پر شدن دانه و وزن هزار دانه شناسایی شد. یک
QTL روی کروموزوم 4H (08/125 سانتی مورگان) با صفات روز تا گرده­افشانی، دوره پر شدن دانه، طول برگ پرچم و وزن هزاردانه در ارتباط بود. مکان‌های مشترک برای صفات یاد شده احتمالاً ناشی از اثر پلیوتروپی و یا پیوستگی بین مکان‌های ژنی کنترل کننده صفات مورد نظر بوده و فرضیه هم­مکانی یا چند اثره بودن QTL­ها را تقویت می‌کند.
واژه‌های کلیدی: جایگاه ژنومی، جو، کروموزوم، وزن هزار دانه و نقشه‌یابی ارتباطی
متن کامل [PDF 899 kb]   (152 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: تخصصي
دریافت: 1398/2/15 | پذیرش: 1399/10/23 | انتشار: 1399/12/10
فهرست منابع
1. Abou-Elwafa, S.F. 2016a. Association mapping for drought tolerance in barley at the reproductive stage. Comptes Rendus Biologies. 339(2): 51-59. [DOI:10.1016/j.crvi.2015.12.002]
2. Abou-Elwafa, S.F. 2016b. Association mapping for yield and yield-contributing traits in barley under drought conditions with genome-based SSR markers. Comptes Rendus Biologies. 339(5-6): 153-162. [DOI:10.1016/j.crvi.2016.03.001]
3. Aghnoum, R., T.C. Marcel, A. Johrde, N. Pecchioni, P. Schweizer and R.E. Niks. 2010. Basal host resistance of barley to powdery mildew connecting quantitative trait loci and candidate genes. MPMI. 23(1): 91-102. [DOI:10.1094/MPMI-23-1-0091]
4. Alqudah, A.M and T. Schnurbusch. 2017. Heading date is not flowering time in spring barley. Front. Plant Sci. 8: 896. DOI: 10.3389/fpls.2017.00896. [DOI:10.3389/fpls.2017.00896]
5. Bradbury, P.J., Z. Zhang, D.E. Kroon, T.M. Casstevens, Y. Ramdoss and E.S. Buckler. 2007. TASSEL software for association mapping of complex traits in diverse samples. Bioinformatics, 23(19): 2633-2635. [DOI:10.1093/bioinformatics/btm308]
6. Buckler, E.S. and J.M. Thornsberry. 2002. Plant molecular diversity and applications to genomics. Curr. Opinion Plant Biol. 5(2): 107-111. [DOI:10.1016/S1369-5266(02)00238-8]
7. Chen, G., T. Krugman, T. Fahima, K. Chen, Y. Hu, M. Roder, E. Nevo and A. Korol. 2010. Chromosomal regions controlling seedling drought resistance in Israeli wild barley, Hordeum spontaneum C. Koch. Genet. Resour. Crop Evol. 57(1): 85-99. [DOI:10.1007/s10722-009-9453-z]
8. Chen, C.X., S.C. Li, S.Q. Wang, H.N. Liu, Q.M. Deng, A.P. Zheng, J. Zho, L.X. Wang and P. Li. 2011. Assessment of the genetic diversity and genetic structure of rice core parent Guichao2, its parents and derivatives. J. Plant Sci. 6: 66-76. [DOI:10.3923/jps.2011.66.76]
9. Diab, A.A., B. Teulat, D. This, N.Z. Ozturk, D. Benscher and M.E. Sorrells. 2004. Identification of drought-inducible genes and differentially expressed sequence tags in barley. Theor. Appl. Genet. 109: 1417-1425. [DOI:10.1007/s00122-004-1755-0]
10. El-Mohsen, A.A.A. 2013. Correlation and regression analysis in barley. World Essays J. 1(3): 88-100.
11. Evanno, G., S. Regnaut and J. Goudet. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Mol. Ecol. 14: 2611-2620. [DOI:10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x]
12. Gordon, D. and S.J. Finch. 2005. Factors affecting statistical power in the detection of genetic association. J. Clin. Invest. 115(6): 1408-1418. [DOI:10.1172/JCI24756]
13. Jabbari, M., B.A. Fakheri, R. Aghnoum, N. Mahdi Nezhad, and R. Ataei. 2018. GWAS analysis in spring barley (Hordeum vulgare L.) for morphological traits exposed to drought. PLOS ONE, 13(9): e0204952. DOI: 10.1371/journal.pone.0204952. [DOI:10.1371/journal.pone.0204952]
14. Kraakman, A.T.W., R.E. Niks, P.M.M.M. Van den Berg, P. Stam and F.A. Van Eeuwijk. 2004. Linkage disequilibrium mapping of yield stability in modern spring barley cultivars. Genetics, 168(1): 435-446. [DOI:10.1534/genetics.104.026831]
15. Kraakman, A.T.W., F. Martinez, B. Mussiraliev, F.A. Van Eeuwijk and R.E. Niks. 2006. Linkage disequilibrium mapping of morphological, resistance, and other agronomically relevant traits in modern spring barley cultivars. Mol. Breed. 17: 41-58. [DOI:10.1007/s11032-005-1119-8]
16. Kushwaha, U.K.S., V. Mangal, A.K. Bairwa, S. Adhikari, T. Ahmed, P. Bhat, A. Yadav, N. Dhaka, D.R. Prajapati, A. Gaur, R. Tamta, I. Deo and N.K. Singh. 2017. Association mapping, principles and techniques. J. Biol. Environ. Engin. 2(1): 1-9.
17. Locatelli, A., A. Cuesta-Marcos, L. Gutierrez, P.M. Heyes, K.P. Smith and A.J. Castro. 2013. Genome-wide association mapping of agronomic traits in relevant barley germplasm in Uruguay. Mol. Breed. 31(3): 631-654. [DOI:10.1007/s11032-012-9820-x]
18. Marathi, B., S. Guleria, T. Mohapatra, R. Parsad, N. Mariappan, V.K. Kurungara, S.S. Atwal, K.V. Prabhu, N.K. Singh and A.K. Singh. 2012. QTL analysis of novel genomic regions associated with yield and yield related traits in new plant type based recombinant inbred lines of rice (Oryza sativa L.). BMC Plant Biol. 12: 137. [DOI:10.1186/1471-2229-12-137]
19. Mueller, J.C. 2004. Linkage disequilibrium for different scales and applications. Brief Bioinform. 5: 355-364. [DOI:10.1093/bib/5.4.355]
20. Pasam, R.K., R. Sharma, M. Malosetti, F.A. Van Eeuwijk, G. Haseneyer, B. Kilian and A. Graner. 2012. Genome-wide association studies for agronomical traits in a worldwide spring barley collection. BMC Plant Biol, 12: 16. [DOI:10.1186/1471-2229-12-16]
21. Pritchard, J.K., M. Stephens and P. Donnelly. 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155(2): 945-959.
22. Ramsay L., M. Macaulay, S. Degli-Ivanissevich, K. MacLean, L. Cardle, J. Fuller, K.J. Edwards, S. Tuvesson, M. Morgante, A. Massari, E. Maestri, N. Marmiroli, T. Sjakste, M. Ganal, W. Powell and R. Waugh. 2000. A simple sequence repeats based linkage map of barley. Genetics, 156: 1997-2005.
23. Ramsay, L., J. Comadran, A. Druka, D.F. Marshall, W.T. Thomas, M. Macaulay, K. MacKenzie, K. Simpson, J. Fuller, N. Bonar, P.M. Hayes, U. Lundqvist, J.D. Franckowiak, T.J. Close, G.J. Muhlbauer and R. Waugh. 2011. INTERMEDIUM-C, a modifier of lateral spikelet fertility in barley, is an ortholog of the maize domestication gene TEOSINTE BRANCHED 1. Natur. Genet. 43(2): 169-172. [DOI:10.1038/ng.745]
24. Rustgi, S., M.N. Shafaqat, N. Kumar, P.S. Baenziger, M.L. Ali, I. Dweikat, B.T. Campbell and K.S. Gill. 2013. Genetic dissection of yield and its component traits using high-density composite map of wheat chromosome 3A: bridging gaps between QTLs and underlying genes. PLOS ONE, 8(7): e70526 .doi:10.1371/journal.pone.0070526. [DOI:10.1371/journal.pone.0070526]
25. Spiertz, J.H.J., B.A. Tenhag and L.J.P. Kupers. 1971. Relation between green area duration and grain yield in some varieties of spring wheat. Neth. J. Agric. Sci. 19: 211-222. [DOI:10.18174/njas.v19i4.17302]
26. Sun, D., W. Ren, G. Sun and J. Peng. 2011. Molecular diversity and association mapping of quantitative traits in Tibetan wild and worldwide originated barley (Hordeum vulgare L.) germplasm. Euphytica, 178: 31-43. [DOI:10.1007/s10681-010-0260-6]
27. Wang, J., G. Sun, X. Ren, C. Li, L. Liu, Q. Wang, B. Du and D. Sun. 2016. QTL underlying some agronomic traits in barley detected by SNP markers. BMC Genet. 17: 103. [DOI:10.1186/s12863-016-0409-y]
28. Xu, X., R. Sharma, A. Tondelli, J. Russell, J. Comadran, F. Schnaithmann, K. Pillen, B. Kilian, L. Cattivelli, W.T.B. Thomas and A.J. Flavell. 2018. Genome-wide association analysis of grain yield-association traits in a Pan-European barley cultivar collection. Plant Genome, 11(1): 170073. [DOI:10.3835/plantgenome2017.08.0073]
29. Xue, D.W., M.C. Chen, M.X. Zhou, S. Chen, Y. Mao and G.P. Zhang. 2008. QTL analysis of flag leaf in barley (Hordeum vulgare L.) for morphological traits and chlorophyll content. J. Zhejiang Univ. Sci. B. 9(12): 938-943. [DOI:10.1631/jzus.B0820105]
30. Yan, J., M. Warburton and J. Crouch. 2011. Association mapping for enhancing maize (Zea mays L.) genetic improvement. Crop Sci. 51: 433-449. [DOI:10.2135/cropsci2010.04.0233]
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Koochakpour Z, Solouki M, Fakheri B A, Aghnoum R, Mahdi Nezhad N, Jabbari M. Identification of genomic loci controlling phenologic and morphologic traits in barley (Hordeum vulgare L.) genotypes using association analysis. علوم زراعی. 2021; 22 (4) :291-304
URL: http://agrobreedjournal.ir/article-1-987-fa.html

کوچک‌پور زهرا، سلوکی محمود، فاخری براتعی، اقنوم رضا، مهدی‌نژاد نفیسه، جباری میترا. شناسایی جایگاه‌های ژنومی کنترل کننده صفات فنولوژیک و مورفولوژیک در ژنوتیپ‌های جو (.Hordeum vulgare L) با استفاده از تجزیه ارتباطی. نشریه علوم زراعی ایران. 1399; 22 (4) :291-304

URL: http://agrobreedjournal.ir/article-1-987-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 22، شماره 4 - ( زمستان 1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها
نشریه علوم زراعی ایران Iranian Journal of Crop Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.05 seconds with 30 queries by YEKTAWEB 4331