@article{ author = {Pirnahmedin, Fatemeh and Majidi, Mohammad Mahdi}, title = {Mechanisms of drought stress tolerance in cool season grasses}, abstract ={Drought stress is one of the most limiting abiotic stresses affecting growth, production and survival of plants in many areas of the world, and is expected to intensify considering the trend of climate change. Grass species are important for the sustainability of agricultural systems, forage resources for animal farming and landscapes. Grass species adapt to water deficit by different morphological and physiological responses such as changes in the root growth, photosynthetic pigments, activation of antioxidant enzymes and accumulation of osmotic compounds as well as other specific characteristics, such as summer dormancy, post drought recovery, and persistence, which lead to their drought adaptation following suffering prolonged water stresses. Summer dormancy is one of the important drought avoidance mechanisms in cool-season perennial grasses which lead to decreasing of forage yield during hot and dry summer, and increasing of recovery and survival potential of grasses after suffering from a prolonged drought stress. The results of the studies have indicated that most of plant traits in grasses have high narrow-sense heritability and positive correlation with drought tolerance, therefore can be considered as effective and useful indices in identification and selection of drought tolerance cool seasons grasses genotypes. Using molecular techniques and tools along with the conventional breeding methods in grasses have increased the accuracy and speed of breeding programs for producing drought tolerant cultivars. These techniques in grasses have been instrumental in assessing genetic diversity, molecular identification of paternal parents in the open pollinated populations, determining the gene loci, genome sequencing, and genes associated with drought tolerance.  }, Keywords = {Grasses, Drought tolerance, Recovery, Summer dormancy, Root, Genetic, Physiology}, volume = {24}, Number = {1}, pages = {1-18}, publisher = {Crop Science Society of Iran}, title_fa = {سازوکارهای تحمل به تنش خشکی در علف‌های چمنی سردسیری}, abstract_fa ={تنش خشکی یکی از مهم­ترین تنش­های غیرزنده است که رشد، تولید و بقای گیاهان را در بسیاری از مناطق جهان محدود کرده و به‌دلیل تغییرات اقلیمی شدت و گسترش آن در حال افزایش است. انواع گونه­های گندمیان برای پایداری سامانه‌های کشاورزی، تامین علوفه برای دام‌ها و فضای سبز حائز اهمیت هستند. علف‌های چمنی از طریق واکنش‌های مورفولوژیک و فیزیولوژیک مانند تغییر در رشد ریشه، رنگیزه­های فتوسنتزی، فعال سازی آنزیم­های آنتی اکسیدانی و انباشته شدن ترکیبات اسمزی، به تنش خشکی سازگار شده و بعلاوه دارای ویژگی­های اختصاصی دیگری مانند خواب تابستانه، برگشت پذیری پس از خشکی و دیرزیستی هستند که باعث سازگاری آن­ها به تنش خشکی طولانی مدت می‌شود. خواب تابستانه یکی از سازوکارهای اجتناب از تنش خشکی در علف‌های چمنی سردسیری است که باعث کاهش عملکرد گیاه طی گرما و خشکی تابستان و افزایش برگشت پذیری و بقای آن­ها پس از رفع خشکی طولانی مدت می­شود. نتایج تحقیقات نشان داده است که اغلب صفات گیاهی در علف‌های چمنی دارای وراثت پذیری خصوصی بالا و همبستگی مثبت با تحمل به خشکی هستند، بنابراین می­توان از آنها به عنوان شاخص برای شناسایی و انتخاب  ژنوتیپ­های متحمل به خشکی استفاده کرد. استفاده از روش‌های مولکولی در کنار روش­های به­نژادی متداول در علف‌های چمنی، باعث افزایش دقت و سرعت برنامه­های به­نژادی در تولید ارقام متحمل به خشکی شده است. این روش‌ها کمک شایانی به ارزیابی تنوع ژنتیکی، تعیین والد پدری در جوامع دگرگشن، تعیین مکان­های ژنی، توالی یابی ژنوم و شناسایی ژن­های مرتبط با تحمل به خشکی در علف‌های چمنی کرده است.  }, keywords_fa = {برگشت پذیری, خواب تابستانه, ریشه, دیرزیستی, ژنتیک و علف‌های چمنی}, url = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1212-en.html}, eprint = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1212-en.pdf}, journal = {Iranian Journal of Crop Sciences}, issn = {1562-5540}, eissn = {2717-0527}, year = {2022} } @article{ author = {ahmadianKooshkghazi, Mohammad Esmaeel and Madandoust, Mehdi}, title = {Effect of planting date on growth, seed yield and oil quality of camelina (Camelina sativa L. Crantz)}, abstract ={Camelina is one of the plants that it seed yield is highly dependent on planting date. This experiment was conducted using randomized complete blocks design with three replications in research farm of Fasa Branch, Islamic Azad University, Fasa, Iran in 2018 and 2019 cropping seasons. Planting dates at six levels; November 1, 11, 21 (autumn sowing) and February 20, March 1 and 11 (winter sowing). The results showed that the autumn planting on November 1 (with 1550 GDD) had the highest seed yield (2373 kg.ha-1) and oil yield (621.kg ha-1). Harvest index of autumn planting was 4.34% higher than winter planting. Thousand seed weight was not affected by planting date. The highest water productivity of 0.18 kg oil ha-1.m-3 was obtained in February 1 planting date. Analyisis of  camellia seed oil revealed that linoleic acids (C18: 2) and oleic (C18: 1) had the highest proportion (30.2%) of fatty acids. the proportion of erucic (C22: 1), eicosenoic (C20: 1) and stearic (C18:0) acids which were affedted by  low environmental temperatures in autumn planting dates increased compared to winter planting dates. According to results of this experiment, autumn planting of camellia had higher seed yield with higher oil quality. With delaying planting date, especially in winter, seed developmental stage coinicded with terminal heat that reduced seed yield and seed oil content. However, early winter planing had the highest water productivity.  }, Keywords = {Camelina, Cumulative temperature, Fatty acids, Oil yield and Water productivity}, volume = {24}, Number = {1}, pages = {19-33}, publisher = {Crop Science Society of Iran}, title_fa = {اثر تاریخ کاشت بر رشد، عملکرد دانه و کیفیت روغن کاملینا (Camelina sativa L. Crantz)}, abstract_fa ={کاملینا از جمله گیاهانی است که عملکرد آن به­شدت وابسته به تاریخ کاشت است. این آزمایش با هدف ارزیابی اثر تاریخ‌های کاشت بر رشد، عملکرد و ترکیب اسیدهای چرب کاملینا در قالب طرح بلوک­های کامل تصادفی در سه تکرار با استفاده از لاین 131 کاملینا در سال­های زراعی 98-1397 و 99-1398 در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه آزاد اسلامی واحد فسا انجام شد. تیمارهای آزمایشی شامل تاریخ­های کاشت پاییزه (10، 20 و 30 آبان) و زمستانه (اول، 10 و 20 اسفند) بودند. نتایج نشان داد که در تاریخ کاشت 10 آبان (1550 روز-درجه رشد) بیشترین عملکرد دانه (2373 کیلوگرم در هکتار) و عملکرد روغن (621 کیلوگرم در هکتار) به­دست آمد. در کشت پاییزه شاخص برداشت 34/4 درصد بیشتر از کشت زمستانه بود. تاریخ کاشت بر وزن هزار دانه تحت تاثیر نداشت. بیشترین مقدار بهره‌وری آب (18/0 کیلوگرم روغن در هکتار بر متر مکعب آب) در تاریخ کاشت اول اسفند حاصل شد. در ترکیب روغن کاملینا اسیدهای چرب لینولئیک (C18:2) و اولئیک (C18:1) بیشترین مقدار (هر یک حدود 30 درصد) را داشتند. اسیدهای چرب اروسیک (C22:1)، ایکوزانوئیک (C20:1) و استئاریک (C18:0) با درجه حرارت­های پایین محیط متأثر از تاریخ کاشت پاییزه نسبت به کشت زمستانه افزایش داشتند. با توجه به نتایج آزمایش، کشت پاییزه کاملینا عملکرد دانه بیشتر و کیفیت روغن بهتری نسبت به کشت زمستانه داشته و تأخیر در کاشت، به ویژه در کشت زمستانه، باعث مصادف شدن مرحله پر شدن دانه­ها با گرمای انتهای فصل و کاهش عملکرد روغن دانه شد، در عین حال کشت زودهنگام زمستانه بیشترین بهره‌وری آب را داشت.  }, keywords_fa = {اسیدهای چرب, بهره‌وری آب, دمای تجمعی, عملکرد روغن و کاملینا}, url = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1195-en.html}, eprint = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1195-en.pdf}, journal = {Iranian Journal of Crop Sciences}, issn = {1562-5540}, eissn = {2717-0527}, year = {2022} } @article{ author = {Naghipour, Fariba and Najafian, Goodarz and EsmaeilzadehMoghadam, Mohse}, title = {Effect of temperature and post-harvest storage duration on flour quality and dough rheological properties of bread wheat (Triticum aestivum L.) cultivars}, abstract ={Management of storage conditions can affect bread wheat grain quality that may lead to improvement of flour qualityand balancing rheological properties of dough. Therefore, controlling the storage conditions as well as the storage duration of bread wheat grain has a significant role in the flour quality and rheological properties of dough. The aim of this study was to investigate the effect of storage temperature (25 °C and 45 °C) and post-harvest storage duration (0, 30, 60 and 90 days after harvest), on flour quality characteristics, enzymatic and rheological properties of e dough of five bread wheat cultivars (Mehregan, Chamran2, Sirvan, Sardari and Azar2). The experiment was conducted as factorial arrangements in completely randomized design with three replications at the Seed and Plant Improvement Institute, Kraj, Iran, in 2018. The results showed that flour protein content and pH decreased with increasing storage temperature and duration, while acidity and falling number increased. On the other hand, by increasing storage duration up to 60 days after harvest at 25 °C and storage duration up to 30 days at 45 °C, wet gluten, Zeleny sedimentation volume and SDS sedimentation height increased in all bread wheat cultivars, and then decreased. The results of evaluation of farinographic properties of dough of bread wheat cultivars showed thatwater absorption increased with increasing storage temperature and duration. Also at 45 and 25 °C the development time, stability time and valorimetric value of dough increased over time up to 30 and 60 days, respectively, and then the value of parameters decreased. Whereas the degree of dough softening decreased at 25 °C and 45°C over the storage duration until the 30 and 60 days after harvest, and then increased. In conclusion, considering the results of this experiment, for optimizing flour quality and rhological properties of dough produced from grains of the five studied bread wheat cultivars, it is recommended that grain is stored at at 45 °C for 30 days and at at 25 °C for 60 days after harvest..  }, Keywords = {Bread wheat, Enzymatic activity, Farinograph, Protein content and Zeleny sedimentation}, volume = {24}, Number = {1}, pages = {34-49}, publisher = {Crop Science Society of Iran}, title_fa = {اثر دما و مدت ذخیره‌سازی بر کیفیت آرد و ویژگی‌های رئولوژیکی خمیر در ارقام گندم نان (.Triticum aestivum L)}, abstract_fa ={تغییرات درونی دانه گندم پس از برداشت و در طول مدت ذخیره‌سازی باعث رسیدگی دانه و بهبود یا تعدیل کیفیت آرد و ویژگی‏های خمیر حاصل از آن می‏شود. از ‏این‏رو شرایط و مدت زمان ذخیره‌سازی دانه گندم نقش تعیین‏کننده­ای در کیفیت آرد دارد. هدف از این تحقیق بررسی اثر دمای ذخیره‌سازی دانه در دو سطح (25 و 45 درجه سانتی‏گراد) و مدت زمان ذخیره‌سازی (بلافاصله بعد از برداشت؛ شاهد، 30، 60 و 90 روز پس از برداشت) بر کیفیت آرد، خصوصیات آنزیمی و ویژگی‏های رئولوژیکی خمیر پنج رقم گندم (مهرگان، چمران2، سیروان، سرداری و آذر2) بود. آزمایش به‌صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار در سال 1397 در موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر انجام شد. نتایج نشان داد که در کلیه ارقام گندم با افزایش دما و مدت زمان ذخیره‌سازی از میزان پروتئین و pH آرد کاسته شده و میزان اسیدیته و عدد فالینگ افزایش یافتند. با افزایش مدت ذخیره‌سازی تا 60 روز در دمای 25 درجه سانتی‏گراد و همچنین افزایش زمان ذخیره‌سازی تا 30 روز در دمای 45 درجه سانتی‏گراد، میزان گلوتن مرطوب، حجم رسوب زلنی و ارتفاع رسوب SDS در کلیه ارقام گندم افزایش و بعد از آن کاهش یافت. نتایج ارزیابی ویژگی‏های فارینوگرافی نشان داد که با افزایش دما و مدت ذخیره‌سازی بر میزان جذب آب آرد افزوده می‏شود. در دمای 45 و 25 درجه سانتی‏گراد، زمان توسعه، زمان پایداری و ارزش والوریمتری خمیر با گذشت زمان به ترتیب تا روز 30ام و 60ام افزایش یافته و بعد از آن کاسته شدند. در مقابل درجه نرم­شدن خمیر در دمای 45 و 25 درجه سانتی‏گراد با گذشت زمان تا روز 30ام و 60ام کاهش و بعد از آن افزایش یافتند. بر اساس نتایج این پژوهش در ارقام گندم مورد بررسی در مناطق با دمای بالاتر (حدود 45 درجه سانتی‏گراد) زمان ذخیره‌سازی دانه در حدود یک ماه و در مناطق با دمای کمتر (حدود 25 درجه سانتی‏گراد) زمان ذخیره‌سازی دانه حدود دو ماه پس از برداشت جهت بهینه شدن ویژگی­های کیفی آرد مناسب هستند.  }, keywords_fa = {پروتئین دانه, رسوب زلنی, فارینوگراف, فعالیت آنزیمی و گندم نان}, url = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1207-en.html}, eprint = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1207-en.pdf}, journal = {Iranian Journal of Crop Sciences}, issn = {1562-5540}, eissn = {2717-0527}, year = {2022} } @article{ author = {Ahadi, Saeed and Maroufi, Asad and Bahramnejad, Bahman and Siosemardeh, Adel}, title = {Effect of salinity stress and application of salisylic acid on expression of TaSC and TaNIP genes in two bread wheat (Triticum aestivum L.) cultivars}, abstract ={Salinity is one of the environmental stresses that affects bread wheat grain yield in most parts of the world. One of the basic strategies to mitgiate the effect of non-biological stresses such as salinity is genetic improvement of crop plants. Identification of stress-associated genes is a prerequisite for genetic improvement. In the present study, the role of a number of genes in the aquaporin family and genes associated with the CDPK pathway in response to environmental stresses was identified as their expression profile analysis in response to salinity stress would facilitate breeding for salinity tolerance. In 2014, the expression of two genes TaNIP and TaSC was studied in two bread wheat cultivars "Bam" tolerant to salinity and "Tajan" sensitive to salinity under salinity stress (170 mM NaCl) and Non-saline conditions. The results showed that TaNIP expression in salt-tolerant cultivar (Bam) significantly increaseed in both leaf and root tissues under salinity stress conditions, but in sensitive cultivar (Tajan) the level of TaNIP expression, especially in leaf tissues, was lower and showed a decreasing trend. In cv. Bam in both leaf and root tissues, after 24 hours, TaSC expression increased in comparion to control. In cv. Tajan, the expression in leaf tissue was generally lower and after 24 hours, the expression level significantly decreased in comparion to control (non-saline). Moreover, expression analysis under the simultaneousapplication of salicylic acid andsodium chloride showed that the expression of both genes in leaf tissues of both bread wheat cultivars significantly increased and the gene expression showed an increasing trend. In conclusion, the results of this experiment indicated that the TaNIP and TaSC genes had different expression trends in tolerant and sensitive bread wheat cultivars under salinity stress conditions. Using salicylic acid as an elicitor also activated the hormonal transduction pathway, which induced the expression of both genes. These findings highlights the role of these genes in salinity tolerance of tolerant bread wheat cv. “Bam”.  }, Keywords = {Aquapurine, Bread wheat, Gene expression, Genetic improvement and Salinity stress}, volume = {24}, Number = {1}, pages = {50-63}, publisher = {Crop Science Society of Iran}, title_fa = {اثر تنش شوری و مصرف اسید سالیسیلیک بر بیان ژن‌های TaNIP و TaSCدر دو رقم گندم نان (.Triticum aestivum L)}, abstract_fa ={شوری یکی از تنش­های محیطی موثر در کاهش عملکرد گندم در بیشتر مناطق دنیا محسوب می‌شود. یکی  از راهکارهای اساسی برای مقابله با تنش­های غیرزیستی مانند شوری، به‌نژادی است. شناسایی ژن‌های ﺗﺤﻤﻞ به ﺷﻮری پیش نیاز به‌نژادی در گندم است. در این رابطه نقش تعدادی از ژن‌های خانواده آکواپورین‌ها و ژن‌های مرتبط با پروتئین کینازهای وابسته به کلسیم (Calcium-dependent protein kinase; CDPK) در پاسخ به تنش‌های محیطی شناخته شده است، بنابراین تجزیه و تحلیل پروفایل بیان این ژن‌ها در پاسخ به تنش، امکان تولید گیاهان تحمل به شوری را فراهم می­کند. در تحقیق حاضر نحوه بیان دو ژن TaNIP و  TaSCدر شرایط تنش شوری در دو رقم گندم نان: بم (متحمل) و تجن (حساس) به شوری در تیمارهای 170 میلی‌مولار کلرید سدیم (تنش شوری) و شاهد (بدون تنش) در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار در سال 1393 در دانشکده کشاورزی دانشگاه کردستان مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که بیان ژن TaNIP در رقم بم (متحمل) در بافت‌های برگ و ریشه در شرایط تنش به طور معنی‌داری افزایش داشت، اما در رقم تجن (حساس) میزان بیان TaNIP، به‌ویژه در بافت برگ، کمتر بود و روند کاهشی داشت. ژن TaSC در رقم بم در بافت‌های برگ و ریشه پس از گذشت 24 ساعت از شروع تنش شوری، افزایش بیان معنی­داری نسبت به تیمار شاهد (بدون تنش) داشت. در رقم تجن نیز به طور کلی میزان بیان در بافت برگ پایین­تر بود و پس از 24 ساعت، بیان ژن نسبت به شاهد (بدون تنش) کاهش معنی­داری نشان داد. نتایج بررسی بیان ژن‌ها در تیمارهای همزمان اسید سالیسیلیک (1/0 میلی‌مولار) و کلرید سدیم (170 میلی‌مولار) نشان داد که هر دو ژن در هر دو رقم گندم افزایش بیان معنی­داری در برگ‌ها داشتند و روند بیان آنها به صورت افزایشی بود. نتایج حاصل از این آزمایش نشان داد که دو ژن TaNIP و  TaSCدر شرایط تنش شوری در ارقام حساس و متحمل گندم دارای بیان متفاوتی بوده و مصرف اسید سالیسیلیک نیز به‌عنوان محرک (الیسیتور) باعث فعال کردن شبکه پیام رسانی هورمونی شده و باعث القای بیان هر دو ژن گردید. نتایج این تحقیق نشان دهنده نقش این ژن‌ها در تحمل به تنش شوری در رقم متحمل گندم نان "بم" است.  }, keywords_fa = {آکواپورین, بیان ژن, به‌نژادی, تنش شوری و گندم نان}, url = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1208-en.html}, eprint = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1208-en.pdf}, journal = {Iranian Journal of Crop Sciences}, issn = {1562-5540}, eissn = {2717-0527}, year = {2022} } @article{ author = {Taherian, Majid and Nikkhah, Hamid Reza and Aghnoum, Reza and SharifiAlhoseini, Mohammad and Mahlooji, Mehrdad and Taheri, Manoochehr and Tabatabayi, Ali and Hassani, Fazl-Allah}, title = {Graphical analysis of grain yield stability for selection of suprior barley (Hordeum vulgare L.) promising lines in temperate regions of Iran}, abstract ={Quantifying genotype × environment interaction effect and yield stability under different environmental conditions is very important challenge in plant breeding programs. The aim of this study was to quantify genotype × environment interaction effect on grain yield and grain yield stability of barley promising lines in temperate regions of Iran. Nineteen promising barley lines (G1-G19) along with one check cultivar (Behrokh), were evaluated at eight agricultural research stations (Karaj, Varamin, Birjand, Neishabour, Mashhad, Zarghan, Isfahan and Yazd) in 2016-17 and 2017-18 cropping cycles. The experimental design at all locations was randomized complete block with three replications. Combined analysis of variance and grain yield stability and compatibility analysis performed using GGE biplot method. The results of GGE biplot showed that the first component and second component explained 30.16% and 28.22% (overall 58.38%) of the total variation, respectively. The average grain yield of barley promising lines in all field stations varied from 5208 to 5870 kg.ha-1. In GGE biplot polygon, superior genotypes were identified in each mega environment. Among environments, Karaj could be considered as the closest environment to the ideal environment. Comparison of barley promising lines with ideal genotype identified G7 as the closest genotype to ideal genotype. Also the closest genotypes to G7 were G5, G13, G20 and G4. These barley promising lines had high grain yield, wide adaptation and grain yield stability in temperate regions of Iran. Among these genotypes, promising line(s) that maintained high grain yield and desirable agronomic characteristics compared to control cultivar can be selected as candidate line(s) for further verification in on-farm trials, and if proved superior for being released as commercial cultivars.  }, Keywords = {Adaptation, Barley, Ideal genotype and Genotype × environment interaction}, volume = {24}, Number = {1}, pages = {64-78}, publisher = {Crop Science Society of Iran}, title_fa = {تحلیل گرافیکی پایداری عملکرد دانه برای گزینش لاین‌های امیدبخش برتر جو (.Hordeum vulgare L) در مناطق معتدل}, abstract_fa ={مطالعه برهمکنش ژنوتیپ و محیط، سازگاری و پایداری عملکرد دانه ارقام در شرایط مختلف محیطی از اهمیت ویژه‌ای در برنامه‌های به‌نژادی  جو برخوردار است. به‌منظور ارزیابی سازگاری و پایداری عملکرد دانه لاین‌های امیدبخش جو، آزمایشی با 19 لاین همراه با رقم شاهد به‌رخ طی دو سال زراعی (1395 تا 1397) در هشت ایستگاه تحقیقاتی (کرج، ورامین، نیشابور، مشهد، بیرجند، زرقان، یزد و اصفهان) در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار اجرا شد. تجزیه واریانس مرکب داده‌ها انجام شد و سپس جهت ارزیابی سازگاری و پایداری ارقام و لاین‌ها از روش‌ چند متغیره GGE بای‌پلات استفاده شد. میانگین عملکرد دانه ژنوتیپ‌های جو در مجموع تمام مکان‌های مورد بررسی، در دامنه‌ای بین 5208 تا 5870 کیلوگرم در هکتار قرار داشت. بر اساس نتایج حاصل از روش GGE بای‌پلات، سهم مؤلفه‌ اصلی اول از تغییرات کل 16/30 و سهم مولفه اصلی دوم 22/28 درصد و این دو مولفه در مجموع حدود 38/58 درصد از کل تنوع موجود را توجیه کردند. ژنوتیپ‌های مناسب در هر ابرمحیط با استفاده از بای‌پلات چند ضلعی شناسایی شدند. نتایج نشان داد که محیط کرج به شرایط محیط‌ مطلوب نزدیک‌تر بود. بررسی همزمان سازگاری و عملکرد ژنوتیپ‌ها با استفاده از بای‌پلات مختصات محیط متوسط نشان داد که ژنوتیپ‌ G7 جزء ژنوتیپ‌های برتر از نظرعملکرد و دارای سازگاری بالا بود. در مجموع بر اساس نتایج این تحقیق، ژنوتیپ G7 ژنوتیپ مطلوب بوده و نزدیک‌ترین ژنوتیپ‌ها به آن ژنوتیپ‌های G5، G13، G20 و G4 بودند. لاین‌های امیدبخش جو مورد ارزیابی از عملکرد دانه بالا، سازگاری عمومی و پایداری مطلوب در مناطق معتدل کشور برخوردار بودند. از بین این ژنوتیپ‌ها می‌توان لاین یا لاین‌های امیدبخش را پس از بررسی در آزمایشات تحقیقی ترویجی در مزارع کشاورزان مناطق معتدل کشور که در مقایسه با ارقام شاهد عملکرد بالا و خصوصیات مطلوبی داشته باشند، برای نام‌گذاری و معرفی گزینش نمود.  }, keywords_fa = {برهمکنش ژنوتیپ و محیط, سازگاری, جو, ژنوتیپ مطلوب}, url = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1217-en.html}, eprint = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1217-en.pdf}, journal = {Iranian Journal of Crop Sciences}, issn = {1562-5540}, eissn = {2717-0527}, year = {2022} } @article{ author = {Mohasseli, Taher and Dezhsetan, Sara and Darvishzadeh, Rez}, title = {Network-based transcriptome analysis in salt tolerant and salt sensitive maize (Zea mays L.) genotypes}, abstract ={Identification of genes involved in salinity stress tolerance provides deeper insight into molecular mechanisms underlying salinity tolerance in maize. The present study was conducted in the faculty of agriculture of Urmia university, Iran, in 2018, with the aim of identifying genetic differences between two maize genotypes in tolerance to salinity stress, and the results of gene expression were integrated with gene interaction networks. First, two maize genotypes with extreme phenotypic differences in salinity tolerance were identified using phenotypic screening data. Gene expression was studied by RNA-sequencing to unveil molecular mechanisms underlying salinity tolerance differences in two selected maize genotypes (T9: salinity-tolerant; S46: salinity-sensitive). Phosphorylation-dependent signaling processes, ion transportation, oxidation-reduction, glutathione metabolism, and tryptophan metabolism between tolerant and sensitive genotypes were identified as different biological pathways by gene ontology and interaction network analysis on the genes with differential expression. Network analysis identified a motif as a common regulatory element (cis-regulatory element) in the promoter region of genes belonging to the sub-network with phosphorylation and kinase activity. This motif corresponds to a regulatory element known in Arabidopsis which binds a transcription factor with a known role in responding to salinity-stress. By integrating gene expression and interaction network data obtained from different molecular layers, pathways and genes distinguishing in two salinity-tolerant and salinity-sensitive genotypes were identified, These findings can be used in maize breeding and biotechnology programs to improve maize grain yield under salinity stress conditions.  }, Keywords = {Gene interaction network, Maize, Motif, RNA-sequencing, Salinity stress and Transcription factor}, volume = {24}, Number = {1}, pages = {79-92}, publisher = {Crop Science Society of Iran}, title_fa = {تجزیه‌ و تحلیل ترنسکریپتوم با رهیافت شبکه در ژنوتیپ‌های متحمل و حساس به تنش شوری ذرت (.Zea mays L)}, abstract_fa ={شناسایی ژن‌های دخیل در تنش شوری، درک عمیقی از سازوکار تحمل به شوری در گیاه ذرت فراهم می‌کند. آزمایش حاضر در سال 1397 در دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه با هدف شناسایی تفاوت‌های ژنتیکی دو ژنوتیپ ذرت در تحمل به تنش شوری انجام و نتایج بیان ژن با شبکه‌های برهمکنش ژنی ادغام شد. ابتدا با استفاده از غربالگری فنوتیپی دو ژنوتیپ با تفاوت­های فنوتیپی بارز در تحمل به تنش شوری شناسایی شدند. برای دو ژنوتیپ منتخب (:T9 متحمل به تنش شوری؛ S46: حساس به تنش شوری)، بیان ژن‌ها با کمک توالی‌یابی RNA برای آشکارسازی سازوکارهای مولکولی زمینه‌ساز تفاوت در تحمل به شوری مطالعه شد. با هستی‌شناسی ژن (GO enrichment) و تجزیه‌ و تحلیل شبکه‌های برهمکنش روی ژن‌های با افتراق بیان، مسیرهای انتقال پیام وابسته به فسفوریلاسیون، انتقال یون، فرآیندهای اکسیداسیون، متابولیسم گلوتاتیون و تریپتوفان بین ژنوتیپ‌های متحمل و حساس شناسایی شدند. در نتایج آنالیز شبکه، در ناحیه راه‌انداز ژن‌های متعلق به خوشه با فعالیت فسفوریلاسیون و کینازی، یک بن‌مایه (موتیف) به‌عنوان عنصر تنظیمی (Cis-regulatory element) مشترک یافت شد. این بن‌مایه با یک عنصر تنظیمی شناخته شده در گیاه آرابیدوپسیس که محل اتصال یک فاکتور رونویسی با نقش شناخته شده در پاسخ به تنش شوری است، مطابقت داشت. با ادغام داده‌های بیان ژن و شبکه برهمکنش، مسیرها و ژن‌های متمایزکننده که در دو ژنوتیپ متحمل و حساس به تنش شوری شناسایی شدند؛ می‌توان در برنامه‌های به‌نژادی و بیوتکنولوژی برای بهبود عملکرد ذرت تحت تنش شوری استفاده کرد.  }, keywords_fa = {بن‌مایه (موتیف), تنش شوری, توالی‌یابی RNA, ذرت, شبکه برهمکنش ژنی و عامل رونویسی}, url = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1229-en.html}, eprint = {http://agrobreedjournal.ir/article-1-1229-en.pdf}, journal = {Iranian Journal of Crop Sciences}, issn = {1562-5540}, eissn = {2717-0527}, year = {2022} }