Iranian Society of Crops and Plant Breeding Sciences
نشریه علوم زراعی ایران
علوم زراعی
Agriculture
http://agrobreedjournal.ir
1
admin
1562-5540
2717-0527
8
10.52547/abj
14
8888
13
fa
jalali
1389
4
1
gregorian
2010
7
1
12
2
online
1
fulltext
fa
شناسایی آنالوگهای ژنهای مقاومت به بیماری (RGAs) در جمعیت F1 درحال تفرق سیبزمینی با استفاده از تکنیک NBS profiling
Identification of resistance gene analogues (RGAs) in F1 mapping population of potato using NBS profiling technique
تخصصي
Special
پژوهشي
Scientific & Research
بهمنظور شناسایی و جداسازی آنالوگهای ژنهای مقاومت (RGAs) در سیبزمینی، 46 ژنوتیپ از جمعیت F1 درحال تفرق دیپلوئید RH×SH با حداکثر نوترکیبی با استفاده از تکنیک NBS Profiling در آزمایشگاه ژنومیکس دانشگاه واگنینگن هلند مورد ارزیابی قرار گرفتند. با استفاده از پنج آغازگر دژنره طراحیشده براساس موتیفهای حفاظتشده دامنه NBS، در مجموع 187 نشانگر چندشکل تولید شد که در ارتباط با نقشه AFLP جمعیت متشکل از 10000 نشانگر مکانیابی شدند. پس از توالییابی تعدادی از نشانگرها و همردیف کردن آنها، 68 نشانگر با ژنهای مقاومت شناختهشده یا پروتئینهای مقاومت به بیماری گروه TIR-NBS-LRR همولوژی نشان دادند. هفت تا از این RGAها جایگاه ژنی و توالی مشابه با ژنهای مقاومت شناساییشده در سیبزمینی یا گوجه-فرنگی داشتند. سیوهفت RGA توالییابیشده در نواحی کروموزومی مشابه با ژنهای مقاومت شناساییشده یا RGAها در گوجه-فرنگی یا سیبزمینی مکانیابی شدند بدون اینکه با این ژنهای مقاومت یا RGAها از نظر توالی دارای همولوژی باشند و بقیه RGAها نیز در جایگاههایی مکانیابی شدند که تاکنون در آنها RGA گزارش نشده است. اکثر این RGA ها در خوشهها یا زیرخوشه-های جدید یا موجود در نقشه قرار گرفتند. در بررسی رابطه فیلوژنی، توالیهای RGA براساس آغازگر دژنره مورداستفاده برای تکثیر تفکیک شدند. نتایج حاصل از این پژوهش میتواند در مکانیابی ژنهای مقاومت منفرد و مکانهای کمی مقاومت به بیماریها مورداستفاده قرار گیرد.
To identify and isolate resistance gene analogues (RGAs) in potato, 46 genotypes from F1 diploid mapping population of SH × RH with highest recombination were assessed by NBS profiling technique in the genomics laboratory of Wageningern University, The Netherlands. Using five degenerate primers, that were designed based on conserved motifs NBS domain, in total, 187 polymorphic markers were produced and mapped in relation to AFLP map of the population comprising 10,000 markers. Following sequencing and alignment of several markers, 68 of them revealed homology between known resistance genes or TIR-NBS-LRR type disease resistance proteins. Seven of these RGAs showed similar genetic position and sequence with resistance genes identified in potato or tomato. Thirty seven of the sequenced RGAs were mapped in the chromosomal regions similar to resistance genes or RGAs identified in tomato or potato without having sequence homology with these resistance genes or RGAs, and the rest of RGAs were mapped in positions where no RGA was reported, before. The majority of the RGAs were positioned in new or existing clusters or sub-clusters in the map. Phylogenetic analysis revealed the grouping of RGA sequences based on degenerate primers that were used for amplification. The result of this research could be used in mapping of single resistance genes and quantitative resistance loci.
آنالوگهای جمعیت نقشهیابی, ژنهای مقاومت به بیماری (RGAs), سیبزمینی و .NBS Profiling
NBS profiling, Mapping population, Potato and Resistance Gene Analogues (RGAs).
185
198
http://agrobreedjournal.ir/browse.php?a_code=A-10-1-163&slc_lang=fa&sid=1
سارا
دژستان
1003194753284600633
1003194753284600633
No
، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز
محمد
مقدم
moghaddamv@yahoo.com
1003194753284600634
1003194753284600634
Yes
دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز
سید ابوالقاسم
محمدی
1003194753284600635
1003194753284600635
No
دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز
سعید
اهری راد
1003194753284600636
1003194753284600636
No
، دانشکده کشاورزی دانشگاه تبریز
ژاک
وسن
1003194753284600637
1003194753284600637
No
مؤسسه بین المللی تحقیقات گیاهی، واگنینگن، هلند