fa تجزیه‌ و تحلیل ترنسکریپتوم با رهیافت شبکه در ژنوتیپ‌های متحمل و حساس به تنش شوری ذرت (.Zea mays L) تخصصي Special پژوهشي Scientific & Research <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:11pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:20.0pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span calibri="" style="font-family:"><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="letter-spacing:-.05pt">شناسایی ژن‌های دخیل در تنش شوری، درک عمیقی از سازوکار تحمل به شوری در گیاه ذرت فراهم می‌کند. آزمایش حاضر در سال 1397 در دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه با هدف شناسایی تفاوت‌های ژنتیکی دو ژنوتیپ ذرت در تحمل به تنش شوری انجام و نتایج بیان ژن با شبکه‌های برهمکنش ژنی ادغام شد. ابتدا با استفاده از غربالگری فنوتیپی دو ژنوتیپ با تفاوت&shy;های فنوتیپی بارز در تحمل به تنش شوری شناسایی شدند. برای دو ژنوتیپ منتخب (</span></span></span></b><b><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span bold="" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="letter-spacing:-.05pt">:T9</span></span></span></b><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="letter-spacing:-.05pt"> متحمل به تنش شوری؛ </span></span></span></b><b><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span bold="" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="letter-spacing:-.05pt">S46</span></span></span></b><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="letter-spacing:-.05pt">: حساس به تنش شوری)، بیان ژن‌ها با کمک توالی‌یابی </span></span></span></b><b><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span bold="" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="letter-spacing:-.05pt">RNA</span></span></span></b><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="letter-spacing:-.05pt"> برای آشکارسازی سازوکارهای مولکولی زمینه‌ساز تفاوت در تحمل به شوری مطالعه شد. با هستی‌شناسی ژن (</span></span></span></b><b><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span bold="" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="letter-spacing:-.05pt">GO enrichment</span></span></span></b><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="letter-spacing:-.05pt">) و تجزیه‌ و تحلیل شبکه‌های برهمکنش روی ژن‌های با افتراق بیان، مسیرهای انتقال پیام وابسته به فسفوریلاسیون، انتقال یون، فرآیندهای اکسیداسیون، متابولیسم گلوتاتیون و تریپتوفان بین ژنوتیپ‌های متحمل و حساس شناسایی شدند. در نتایج آنالیز شبکه، در ناحیه راه‌انداز ژن‌های متعلق به خوشه با فعالیت فسفوریلاسیون و کینازی، یک بن‌مایه (موتیف) به‌عنوان عنصر تنظیمی</span></span></span></b><b> </b><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="letter-spacing:-.05pt">(</span></span></span></b><b><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span bold="" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="letter-spacing:-.05pt">Cis-regulatory element</span></span></span></b><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="letter-spacing:-.05pt">) مشترک یافت شد. این بن‌مایه با یک عنصر تنظیمی شناخته شده در گیاه آرابیدوپسیس که محل اتصال یک فاکتور رونویسی با نقش شناخته شده در پاسخ به تنش شوری است، مطابقت داشت. با ادغام داده‌های بیان ژن و شبکه برهمکنش، مسیرها و ژن‌های متمایزکننده که در دو ژنوتیپ متحمل و حساس به تنش شوری شناسایی شدند؛ می‌توان در برنامه‌های به‌نژادی و بیوتکنولوژی برای بهبود عملکرد ذرت تحت تنش شوری استفاده کرد.</span></span></span></b><b><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span bold="" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="letter-spacing:-.05pt"></span></span></span></b></span></span></span></span></span></span></span><br> &nbsp;</div> <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:11pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:20.0pt"><span calibri="" style="font-family:"><span style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Identification of genes involved in salinity stress tolerance provides deeper insight into molecular mechanisms underlying salinity tolerance in maize. The present study was conducted in the faculty of agriculture of Urmia university, Iran, in 2018, with the aim of identifying genetic differences between two maize genotypes in tolerance to salinity stress, and the results of gene expression were integrated with gene interaction networks. First, two maize genotypes with extreme phenotypic differences in salinity tolerance were identified using phenotypic screening data. Gene expression was studied by RNA-sequencing to unveil molecular mechanisms underlying salinity tolerance differences in two selected maize genotypes (T9: salinity-tolerant; S46: salinity-sensitive). Phosphorylation-dependent signaling processes, ion transportation, oxidation-reduction, glutathione metabolism, and tryptophan metabolism between tolerant and sensitive genotypes were identified as different biological pathways by gene ontology and interaction network analysis on the genes with differential expression. Network analysis identified a motif as a common regulatory element (<i>cis</i>-regulatory element) in the promoter region of genes belonging to the sub-network with phosphorylation and kinase activity. This motif corresponds to a regulatory element known in <i>Arabidopsis</i> which binds a transcription factor with a known role in responding to salinity-stress. By integrating gene expression and interaction network data obtained from different molecular layers, pathways and genes distinguishing in two salinity-tolerant and salinity-sensitive genotypes were identified, These findings can be used in maize breeding and biotechnology programs to improve maize grain yield under salinity stress conditions.</span></span></span></span></span></span></span><br> <br> &nbsp;</div> بن‌مایه (موتیف), تنش شوری, توالی‌یابی RNA, ذرت, شبکه برهمکنش ژنی و عامل رونویسی Gene interaction network, Maize, Motif, RNA-sequencing, Salinity stress and Transcription factor 79 92 http://agrobreedjournal.ir/browse.php?a_code=A-10-1087-2&slc_lang=fa&sid=1 Taher Mohasseli طاهر محصلی tahermohasseli3240@yahoo.com 10031947532846009208 10031947532846009208 No PhD Student, University of Mohaghegh Ardabili, Ardabil, Iran دانشجوی دکتری دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل Sara Dezhsetan سارا دژستان sdezhsetan@uma.ac.ir 10031947532846009209 10031947532846009209 No Associate Prof., University of Mohaghegh Ardabili, Ardabil, Iran دانشیار دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل Reza Darvishzadeh رضا درویش زاده r.darvishzadeh@urmia.ac.ir 10031947532846009210 10031947532846009210 Yes Professor, Urmia University, Urmia, Iran استاد دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه، ارومیه